История Врата Штейна начинается в Акихабаре, в самом не обычном месте планеты, где встречаются самого различного ума люди. Так и наши герои, 18-летний Окабэ Ринтаро, студент Токийского университета электротехники, по совместительству президент клуба по сборке устройств и сумасшедший ученый, его друг и соратник, отаку, а по-совместительству хакер – Хасида Итару. А также лаборантка, друг детства Ринтаро – Маюри Сина, замеченная в работе официанткой в мейд-кофе. Завершает научную команду знойная и не менее гениальная – Макисе Курису.

Однажды, Ринтаро посещает семинар посвященный проблеме путешествия во времени. Став случайным свидетелем убийства, в панике отсылает смс своему соратнику, как вдруг, ни с того ни с сего, на крышу падает космический спутник. Пока пресса и полиция гадают о причине происшествия, Макисе Курису оказывается жива, а ее спасению каким-то образом способствовало то самое смс отправленное Ринтаро.

Устройство способно посылать смс в прошлое. Решившись на эксперименты, друзья начинают манипулировать временем, подвергая себя и других смертельной опасности.